O Agrupamento de Escolas Dr. Francisco Fernandes Lopes entrou em funcionamento no final do ano escolar 2011/2012, mais precisamente no dia 3 de julho de 2012, com a tomada de posse da comissão administrativa provisória, na sequência da homologação da sua criação, por despacho de 28 de junho de 2012, de Sua Excelência o Secretário de Estado do Ensino e da Administração Escolar.

A nova unidade organizacional, resultante dos processos de agregação previstos nos artigos 6.º e 7.º do decreto-lei n.º 75/2008, de 22 de abril, foi constituída pela integração dos seguintes estabelecimentos da educação pré-escolar e escolas de diferentes níveis e ciclos de ensino: Escola Secundária Dr. Francisco Fernandes Lopes (sede do agrupamento), EB1/JI da Fuseta e Escola Básica dos 2.º e 3.º ciclos Dr. João Lúcio, unidades orgânicas que integravam o extinto Agrupamento3 de Escolas Dr. João Lúcio, e EB1/JI de Moncarapacho e Escola Básica dos 2.º e 3.º ciclos Dr. António João Eusébio, unidades orgânicas que integravam o extinto Agrupamento de Escolas de Moncarapacho. Das 5 unidades que o constituem, uma localiza-se na sede do concelho de Olhão (Escola Dr. Francisco Fernandes Lopes) e as restantes na freguesia de Moncarapacho-Fuseta.